Развитието на имунната система и ефективността на имунния отговор върви ръка за ръка с развитието и композицията на чревната микробиота. Разбирането на тази взаимовръзка се е разширило значително като се изследват отделните бактериални щамове, консорциумът от щамове, специфичните микробно-експресирани гени и произведените от микробите метаболити и ефектът им върху чревната хомеостаза и локалния и системен имунитет. Както е известно, повечето от човешката микробиота се намира в червата, също така там е локализирана 70-80% от активността на имунната система на тялото. Взаимовръзката между двете е симбиотична, тъй като те са еволюирали заедно, за да осигурят предпазване на тялото и елиминиране на микроорганизмите, с които влиза в контакт.
